Wiki Calcul

Ajouter un environnement Python dans JupyterLab

Vous pouvez créer vos propres environnements Python et les rendre accessibles dans JupyterLab sous forme de noyaux (kernels). Chaque notebook peut ainsi utiliser les bibliothèques adaptées à votre projet.

Les commandes ci-dessous sont à exécuter dans un terminal ouvert depuis JupyterLab.

Initialiser Conda

Pour utiliser Conda dans le terminal courant, exécutez la commande correspondant à votre shell.

Avec Zsh :

eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.zsh hook)"

Utilisation de Miniforge et Mamba

Miniforge est une distribution minimale fournissant Conda et Mamba, avec conda-forge comme canal de paquets par défaut.

Ces outils permettent de créer des environnements logiciels indépendants, contenant les bibliothèques et versions nécessaires à vos projets. Mamba propose des commandes proches de celles de Conda et une gestion performante des dépendances.

Avant-propos

Slurm est un logiciel libre de gestion des ressources et d’ordonnancement des tâches de calcul. Il permet aux utilisateurs de soumettre leurs calculs, appelés jobs, en précisant les ressources nécessaires : nombre de cœurs, quantité de mémoire, GPU et durée maximale d’exécution.

Slurm organise ensuite l’exécution de ces jobs en fonction des ressources disponibles, des priorités et des règles de partage définies sur le cluster.

Utilisation de la commande SCREEN: La commande SCREEN permet de détacher les processus lancés pendant la session SSH.