Miniforge

Miniforge est une distribution conda contenant l'installation minimale du repository conda-forge contenant les installations de conda et de mamba. 

mamba est une implémentation optimisé de la commande conda, permettant une gestion bien plus rapide des environnements. 

Miniforge est actuellement installée sur les machines de calculs contenues dans la solution SLURM.

Prérequis

Afin de fonctionner de manière optimale, il est conseillé de créer un fichier .mambarc dans son homedir

cat ~/.mambarc
channels:
 - nodefaults
ssl_verify: true
## Optional - store Conda environments in an alternative location
envs_dirs:
 - ~/.mamba/envs
pkgs_dirs:
 - ~/.mamba/pkgs

Utilisation

Si vous connaissez conda, alors vous connaissez mamba

On commence par ouvrir une session interactive sur un nœud

rruelle@math5:/home/rruelle $ salloc -n 4
salloc: Granted job allocation 1061
salloc: Waiting for resource configuration
salloc: Nodes ljad134 are ready for job

On charge le module miniforge3

rruelle@ljad134:/home/rruelle $ module load miniforge3

On active mamba

rruelle@ljad134:/home/rruelle $ eval "$(mamba shell hook --shell zsh)"

On peut créer un environnement

rruelle@ljad134:/home/rruelle $ mamba create -n my_env

Puis le charger : 

rruelle@ljad134:/home/rruelle $ mamba activate my_env

Remarque

Il est préférable de ne pas mélanger l'utilisation des commandes conda et mamba